Phương thức thuận tiện nhất là ghi thông tin kế toán nhờ các chứng từ. Cơ chế sử dụng các chứng từ cho phép khởi tạo các bút toán trên cơ sở các thông tin được nhập vào biểu mẫu chứng từ.

Chúng ta cùng xem ưu điểm của việc lập các bút toán bằng các chứng từ kế toán trong ví dụ sau. Khi tiếp nhận vốn bằng tiền thì cần lập ra phiếu thu tiền mặt: thu tiền và phản ánh nghiệp vụ này vào các tài khoản kế toán. Nếu sử dụng chứng từ của chương trình là "Phiếu thu", các mục được nhập vào biểu mẫu cũng giống như khi viết ra phiếu thu, tuy nhiên, các bút toán được lập ra một cách tự động.

Trên thực tế, chứng từ của cấu hình "Kế toán doanh nghiệp" tự động hóa hoàn toàn phần lớn các phần hành kế toán quản trị. Chúng bao gồm kế toán giao dịch tiền mặt và tiền gửi, nguyên vật liệu sản xuất, hàng tồn kho, hạch toán với người bán, người mua, kế toán bán hàng, dịch vụ...

Kỹ năng làm việc với các chứng từ máy tính của cấu hình sẽ được phân tích cụ thể trong phần hai.

Chứng từ cấu hình "Kế toán doanh nghiệp" được phân loại theo các cơ sở khác nhau.

Tùy theo mối liên hệ với các giao dịch kinh tế, chứng từ kế toán được chia thành: các chứng từ đã hoàn thành và các chứng từ đang thực hiện.

Đối với nhóm thứ nhất, các chứng từ ghi nhận các giao dịch đã hoàn thành, ví dụ như nhận tiền vào tài khoản ngân hàng, sử dụng dịch vụ các doanh nghiệp khác...

Đối với nhóm thứ hai, chứng từ máy tính dùng để phản ánh các giao dịch đang thực hiện. Các chứng từ này, thông thường đều có các mẫu in theo mẫu quy định để đưa ra máy in. Khi làm việc với chứng từ này thường có hai bước.

- Bước thứ nhất giống như phần đầu thực hiện giao dịch. Bước này bao gồm việc hoàn thành mẫu chứng từ, in ra giấy và lưu chứng từ trong cơ sở dữ liệu.

- Trong bước thứ hai, chứng từ được mở ra, sửa lại cho chính xác các mục trên đó, lưu lại một lần nữa, đồng thời tiến hành kết chuyển. Ví dụ như có thể kết chuyển chứng từ "Phiếu thu", "Tiếp nhận hàng hóa và dịch vụ".

Theo cơ sở khác, có thể phân chia ra thành 2 loại chứng từ: có và không lập ra các bút toán trong biểu ghi kế toán.

Dạng thứ nhất là chứng từ mà việc sau khi nhập, nó không làm thay đổi kết quả trên tài khoản cũng như không làm thay đổi biểu ghi kế toán. Ví dụ chứng từ "Hóa đơn thanh toán (Phiếu báo giá"”và "Giấy ủy quyền".

Việc kết chuyển chứng từ kế toán được tiến hành bằng cách bấm vào biểu tượng trên thanh công cụ hay nút "OK" ở phần dưới của mẫu chứng từ. Trong trường hợp thứ nhất mẫu chứng từ vẫn duy trì ở trạng thái mở, còn trong trường hợp thứ hai, biểu mẫu chứng từ sẽ đóng lại. Trong nhật ký chứng từ, chứng từ đã kết chuyển được đánh dấu bằng biểu tượng .